La formulación de la propuesta del Plan de Ordenamiento Territorial del Cantón Pujilí estuvo contemplada en tres etapas: la determinación del diagnóstico territorial, el modelamiento de la zonificación agroecológica económica, y la formulación de los programas y proyectos de la propuesta. La elaboración del diagnóstico territorial estuvo basada en el análisis de los sistemas, variables, e indicadores propuestos en la Guía de Contenidos y Procesos para la Formulación de Planes de Desarrollo y Ordenamiento Territorial, publicados por la Secretaría Nacional de Planificación y Desarrollo (SENPLADES).