El presente estudio de carácter descriptivo, en primer lugar expone una compilación de temas relevantes de la gestión de costos organizacionales, presenta las principales decisiones gerenciales relacionadas a los costos y brinda un acercamiento a la Gerencia Estratégica de Costos dentro de las organizaciones. En segundo lugar se describe a través de estadísticas e indicadores oficiales, la situación del sector alimenticio nacional y de la ciudad de Quito. En tercer lugar se caracteriza la gestión de costos de una muestra de treinta MiPyme del sector alimenticio de la ciudad Quito. Con la información obtenida de la muestra, a través de la aplicación de encuestas, se compara el desempeño de la gestión de costos de las medianas empresas versus el grupo de las micro y pequeñas empresas, a través de indicadores. Con el soporte de herramientas estadísticas para el análisis de datos categóricos, como los intervalos de confianza para proporciones y la prueba T de dos proporciones, se determina la presencia de diferencia significativa entre los grupos de empresas. A continuación, se contrastan los resultados obtenidos, con los principales sistemas de costos reportados por la literatura y se selecciona un sistema de costeo para las industrias manufactureras del ramo. En los anexos, se presenta un modelo del subproceso de gestión de costos y sus actividades, diseñado a través de la técnica IDEF0 y de diagramas de flujo funcionales. Finalmente, se aplica la metodología del sistema de costos seleccionado, sobre un caso de estudio empresarial, para obtener un estado de resultados mensual por producto y un informe de costos unitarios mensual comparativo, que facilite el proceso de toma de decisiones.