La presente investigación tiene como objetivo analizar la incidencia del control interno en la productividad operacional de las medianas empresas del cantón Milagro, en conocimiento de que muchas de estas empresas manejan sus procesos de manera empírica y carecen de aplicación de herramientas y/o estrategias indispensables que les permita alcanzar resultados favorables. Una de estas estrategias es la mejora continua de los procesos que se lograría con la aplicación correcta de los controles internos en cada una de las operaciones empresariales. Para el desarrollo de la misma utilizamos técnicas de investigación, como las encuestas y entrevistas, que nos llevaron a realizar un estudio sobre la situación actual en la que se encuentran las diversas organizaciones respecto a sus controles internos. El análisis de los resultados obtenidos nos permitió darnos cuenta, que el control interno influye en gran proporción en el correcto desenvolvimiento de las operaciones o procesos de una organización, sin embargo conociendo su importancia en cuanto al manejo de un buen control interno, pocos toman en consideración este procedimiento, las causas que se determinaron, entre otras, están: falta de conocimiento sobre el tema y recursos económicos, etc. Esta investigación pretende aportar y contribuir a una mejora empresarial orientado a las medianas empresas, en cuanto a la implementación o el robustecer de los controles internos que les consienta obtener beneficios rentables.