La dégradation de la diversité végétale est devenue un phénomène de plus en plus croissant dans les pays sahéliens. La présente étude réalisée courant 2009 à 2010, a consisté à caractériser la végétation de quatre sites protégés de plantes médicinales du pays San, du domaine phytogéographique nord-soudanien occidental. Pour la collecte des données, l’échantillonnage systématique a été adopté. Des placettes de 900 m², de forme carrée (30m x 30m) ont été placées sur des transects parallèles dans chaque site. Au total, 100 placettes ont été installées et inventoriées. Dans chaque placette, toute espèce ligneuse a été inventoriée, le diamètre à hauteur de poitrine mesuré et le nombre d’individus présents compté. Les traces d’exploitations humaines, la texture du sol et le type d’occupation fonctionnelle du site ont été visuellement appréciés. La richesse spécifique, la structure de la végétation et la régénération dans chaque site ont été déterminées. L’hétérogénéité des sites a été estimée par l’analyse des indices de diversité de Shannon et Simpson. Au total 56 espèces reparties en 41 genres et 19 familles ont été identifiées dans les quatre sites. Les familles les mieux représentées sont les Anacardiaceae (9%), les Caesalpiniaceae (14%), les Combretaceae (13%) et les Mimosaceae (14%). La physionomie de la végétation est semblable dans tous les sites : une dominance des formes juvéniles et une forte régénération. L’analyse des indices de diversité n’a pas révélé de différences significatives entre les sites. Cependant, peu traces d’exploitations humaines ont été observées dans les sites à accès fermé. Plusieurs des espèces citées comme rares sont absentes dans les formations.