Las aguas del Cutuchi que aportan al canal de riego Latacunga-Salcedo-Ambato (LSA), escurren en el río 1 000 Millones de m3 anuales. Debido a una incapacidad de gestión del recurso hídricono seremedianlos efectos que causan los contaminantes biológicos. El objetivo del presente trabajo fue caracterizar la contaminación microbiológicae implementar tratamientos de filtración anaeróbico-aeróbico, se diseño dos reactores que contienen dos partes, cada una de 1 m3, la primera contiene piedra pómez(A) cubriendo 1/2 y 3/4 del reactor (T50 y T75), el segundo contiene cascarilla de arroz(B) en 2 y 4 filas de bandejas de 15 cm de altura (T2 y T4), durante los períodos enero-marzo/Julio-agosto del 2013; el lote de estudio se ubicó en las coordenadas: UTM (WGS84) Zona 17S X: 766806; Y: 9895000. Se tomaron 16 muestras por triplicado, cada 8 días. Se analizaronDQO, DBO, E. coli y coliformes totales como NMP, Laremoción de DQO es del 16% y 29,2% demateria orgánica (MO), en los sistemas T50/4-T75/2, yen T50/2-T75/4 una remoción de 43,6 y 53,7% de MO. Se valoró estadísticamente F en el DQO, los que no son significantes para p= 0,05 y 0,01 en las dos fases para las variables A y B por separado; el análisis AxB resultan significantes. El contaje bacteriano esta en 106 100 ml-1 como NMP, los sistemas T50/4-T75/2, y T50/2-T75/4 generaron una remoción bacteriana de una unidad logarítmica. Los sistemas propuestos son una opción para la remoción de MO pero resultaron insuficientes para la carga bacteriana.