En este artículo se analiza el grado de segregación socioeconómica existente en el sistema educativo español. Para ello se hace uso de los datos suministrados por la tercera evaluación del proyecto PISA llevado a cabo por la OCDE. Se estudia la segregación debida a diferencias entre las características del alumnado que asiste a la enseñanza pública y privada, diferenciando los centros concertados y los no concertados (segregación intersectorial). Asimismo se cuantifica la segregación interna existente en cada uno de los tres sectores educativos (segregación intrasectorial). Los resultados obtenidos apuntan a un grado importante de segregación por motivos socioeconómicos en todas las comunidades autónomas con muestra representativa en PISA 2006. Los alumnos más selectos se concentran mayoritariamente en los centros privados, si bien su reparto entre las diferentes escuelas es bastante heterogéneo, especialmente en la enseñanza privada no concertada. En el sector público, los estudiantes presentan un perfil socioeconómico mucho más homogéneo entre los diversos centros, agrupándose en todos ellos los alumnos pertenecientes a los hogares de menos recursos económicos y culturales y los inmigrantes.