Objetivo: determinar y comparar los factores asociados a las complicaciones en recién nacidos (RN) de madres adolescentes en dos hospitales: Santa Rosa/Lima y Daniel Alcides Carrión/Pasco. Metodología: estudio de enfoque cuantitativo, diseño descriptivo-comparativo retrospectivo, realizado en dos hospitales: Lima capital y Pasco al interior del país; la población de estudio en ambos contextos fue conformada por las madres adolescentes y sus RN atendidos el 2010. La recolección de datos fue realizada entre febreromarzo/2011 por la investigadora utilizando una Ficha de Registro. El análisis de datos fue descriptivo y para relacionar las variables se usó el odds ratio considerando un p<0,05 significativo. Resultados: la incidencia de BPN, PEG, síndrome de dificultad respiratoria, sepsis neonatal, asfixia neonatal y reanimación fueron mayores en el Hospital de Pasco; además presentaron mayor probabilidad de complicaciones los RN de madres con RPM, amenaza de parto prematuro, DDP y trabajo de parto complicado. Conclusiones: el mayor porcentaje (55,8%) de RN de madres adolescentes atendidas en el Hospital de Pasco presentó complicaciones en comparación a los RN del Hospital de Lima (12,6%), destacándose como factores asociados la amenaza de parto prematuro, DPP, RPM, embarazo prolongado y trabajo de parto complicado por sufrimiento fetal.