El estudio de los gases de efecto invernadero, como el bióxido de carbono (CO2) y el metano (CH4), tiene una relevancia de carácter global y su acumulación en la atmósfera por actividades humanas afecta el balance radiativo de la Tierra. Las lagunas costeras se consideran reservorios importantes de carbono, pero no es claro si contribuyen como fuentes o sumideros. Este trabajo presenta una estimación de los flujos de CO2 y CH4 en agua-aire en las lagunas de Chautengo y Tres Palos en Guerrero. México, durante la época de secas y también analiza el papel de esos cuerpos de agua en la emisión o captura de carbono, según sus condiciones ambientales. En Chautengo el promedio de captura de CH4 fue 8.7 mg/m2/día y la emisión 15.4 mg/m2/día. La captura de CO2 fue 1001.7 mg/m2/día y la emisión 2241.5 mg/m2/día. En Tres Palos el promedio de captura de CH4 fue 127.7 mg/m2/día y la emisión 1483.3 mg/m2/día. La captura de CO2 presentó un valor promedio de 1475 mg/m2/día y la emisión 95 mg/m2/día. Chautengo presentó un equilibrio entre la captura y emisión de CH4 y CO2, así que podría considerarse un cuerpo de agua neutro en función de los flujos de gas superficial. La laguna de Tres Palos se puede considerar como fuente de CH4 y sumidero de CO2 durante el periodo de estudio. En agua de fondo, la laguna de Chautengo presentó 28 mg/L de carbono inorgánico (CI) promedio y 18 mg/L orgánico (CO). En Tres Palos, las concentraciones en fondo fueron 25 mg/L de CI y 28 mg/L de CO.