Introducción: El objetivo de estudio fue conocer la frecuencia de neoplasias malignas en las jurisdicciones sanitarias del estado de Oaxaca. Material y métodos: Se recolectó información de niños atendidos entre 1999 y 2011 en el Hospital General «Aurelio Valdivieso» por neoplasias malignas. Resultados: En este lapso ingresaron 508 casos con diagnóstico de cáncer, de ellos 52.6% masculinos con una edad media de siete años; la mayor frecuencia de cáncer ocurrió entre los cinco y los 14 años y la neoplasia más frecuente fue la leucemia aguda (53%), seguida por los linfomas (12.2%) y los tumores del sistema nervioso central (8.2%). En cuanto a la mayor frecuencia de casos, ocurrió en los valles centrales (35%). Discusión: Sólo dos jurisdicciones sanitarias tuvieron un patrón semejante al «Latinoamericano»; El mayor número de casos con osteosarcoma ocurrió en la Mixteca y Tuxtepec, y en los Valles centrales los tumores fueron leucemias, linfomas y sarcomas de partes blandas. Conclusión: Es deseable que haya un estudio para conocer la frecuencia en todas las instituciones que atiendan a niños con cáncer, para conocer la magnitud del problema.