Los humedales son los ecosistemas más productivos y de importancia ecológica con áreas de alta biodiversidad. Representan el 27.7% de la superficie del Estado, destacando la Reserva de la Biosfera Pantanos de Centla y la región hidrológica prioritaria no. 91, Balancán, zonas con alta diversidad de hábitats y biológica. El objetivo del trabajo fue realizar un inventario, de humedales en el municipio de Balancán, Tabasco y conocer la composición y estructura de la comunidad de peces, crustáceos y moluscos y su respuesta a los factores limnológicos del medio. El inventario de humedales se determinó mediante la fotointerpretación de imágenes Landsat TM 5 en las temporadas de mínima y máxima inundación de 2007.La colecta de organismos se realizó con diversas artes de captura en seis estaciones de monitoreo con muestreos por triplicado. Se delimitaron 223 y 441 humedales con un total de 13,289.9 ha y 32,999.6 ha para ambas temporadas respectivamente. El tipo de humedal más ampliamente distribuido fue el Ribereño con 9,140.7 ha, seguido el tipo Lacustre 3,180.8 ha y el Ribereño 9,140.7 ha en la temporada de mínima inundación y en máxima inundación el tipo Ribereño presentó el mayor número de hectáreas con 14,147.3 ha, mientras que en el tipo Palustre se determinaron 11,694.9 ha y finalmente el tipo Lacustre con 7,157 ha. En cuanto a las condiciones ambientales los parámetros físico-químicos presentaron variación entre las épocas de colecta. Las familias dominantes fueron: 1) peces, Cichlidae (46.69%) y Poeciliidae (35.63%), 2) moluscos, Hidrobiidae (86.98%) y Physidae (4.26%) y 3) crustáceos con Palaemonidae (100%). Entre las especies que presentaron mayor abundancia y frecuencia de aparición fueron C. francesae, G. sexrdiata y A. clenchi. Los resultados obtenidos en el presente estudio contribuyen a la información base del inventario de recursos acuáticos del municipio de Balancán en la frontera sur de México.