Um debate recorrente em torno das cotas na universidade é a possibilidade do cotista obter rendimento satisfatório a despeito dos problemas na formação básica. O objetivo deste estudo é comparar o desempenho de alunos cotistas e não cotistas da Universidade Federal da Bahia (UFBA). A amostra foi por composta por todos os alunos ativos (N=26.175) matriculados. As análises indicam desempenho superior de não cotistas, sendo a magnitude da diferença 6,81% (F=348,114, p<.000) quando os dois grupo são diretamente comparados. Quando separados por área de conhecimento, os cotistas apresentam desempenho superior em cursos das áreas de artes e humanidades de média e baixa concorrência. O déficit na formação básica, principalmente no domínio da matemática, aparece como um possível fator de influência nesta diferença de desempenho. Os resultados sugerem um fenômeno complexo e multifacetado. Para além das disputas ideológicas é preciso intervir nesta disparidade para uma efetiva inclusão dos cotistas na universidade.