Penelitian ini dilakukan dengan maksud, Pertama, untuk menganalisa pemahaman mahasiswa Kependidikan Islam terkait wacana pluralisme agama. Kedua, untuk mengetahui tingkat toleransi dalam beragama yang dimiliki mahasiswa Kependidikan Islam. Ketiga, menguji ada tidaknya pengaruh dari pemahaman mengenai pluralisme agama terhadap sikap toleransi yang dimiliki. Penelitian ini dilaksanakan di Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga Yogyakarta pada program studi Kependidikan Islam. Pengambilan sampel dalam penelitian menggunakan metode probability random sampling sebesar 71 mahasiswa dari total populasi 87. Variabel independen dalam penelitian ini adalah pemahaman mengenai pluralisme agama (X). Sedangkan variabel dependen dalam penelitian ini adalah sikap toleransi. Metode analisa yang digunakan dalam penelitian ini adalah pertama, descriptive statistics untuk mengetahui distribusi frekuensi temuan data dari lapangan. Kedua,untuk mengetahui ada tidaknya pengaruh antara tingkat pemahaman mahasiswa Kependidikan Islam mengenai pluralism agama terhadap tingkat toleransi agama maka, digunakan model analisis regresi linier sederhana dengan menggunakan SPSS (Statistical Package For Social Sciences) sebagai alat bantu. Pluralisme agama bagi mahasiswa Kependidikan Islam angkatan 2010 Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan UIN Sunan Kalijaga dipahami sebagai hal yang positif. Artinya pluralisme bukanlah sesuatu yang bertentangan dengan ajaran Islam. Di sisi lain, sikap toleransi yang dimiliki mahasiswa Kependidikan Islam bisa dikatakan tinggi. Hal ini bisa dilihat pada hasil rekapitulasi jawaban kuesionare untuk variabel toleransi dimana mayoritas cenderung menunjukan ketidaksetujuannya terhadap tindakan-tindakan yang melanggar kehidupan kebebasan beragama di Indonesia. Hasil uji regresi menunjukan angka signifikasi koefisien regresi pemahaman mengenai pluralisme agama sebesar 0.00 yang berarti lebih kecil dari a 0.05. Sehingga dapat disimpulkan pada angka kepercayaan 95% variabel pemahaman mengenai pluralisme agama berpengaruh secara nyata terhadap sikap toleransi beragama yang dimiliki mahasiswa Kependidikan Islam.