Une étude descriptive et analytique sur l’alimentation en eau de boisson a été réalisée sur une population de 110 puits dans la commune d’Abomey-Calavi au Bénin qui sont respectivement sélectionnés par tirage aléatoire simple dans l’ensemble des 55898 ménages de la commune. L’objectif de ce travail est d’évaluer le niveau de pollution des eaux de puits consommées par la population de la Commune et son lien avec la santé. La pollution physico-chimique et microbiologique des puits dans cette commune, ville semi- urbaine de 307.745 habitants, a été étudiée. Les puits présentent une forte pollution en nitrites, en nitrates, en aluminium, en fer total, en cadmium et en mercure qui sont respectivement de 32,73%, 11,82%,10%, 43,64%, 6,36% et14,55% d’une part et d’autre part, une pollution microbiologique (bactéries, parasites et champignons) qui rendent l’eau impropre à la consommation. L’origine des pollutions peut être attribuée à diverses causes: défaut d’assainissement et de collecte des ordures ménagères, transfert de polluants à partir des couches superficielles, conditions de puisage et structure des installations. À terme, l’utilisation des puits pourrait constituer un risque sanitaire important pour la majorité des habitants de la zone d’étude.